Flehingen wurde bereits in den Jahren 778 und 779 erstmals urkundlich erwähnt. Damals trug der Ort noch den Namen Flancheim oder Flanicheim.

Im Mittelalter gehörte Flehingen zunächst den Herren von Strahlenberg, später der Kurpfalz. Kriegerische Ereignisse prägten die Entwicklung. So wurden 1353 die Burgen in Flehingen und Sickingen zerstört.

Im Jahr 1622 kam es erneut zu schweren Zerstörungen, als beide Orte geplündert und in Brand gesetzt wurden. In Flehingen wurden dabei 170 Gebäude vernichtet.

Religiös wandelten sich die Gemeinden im 16. Jahrhundert und wurden protestantisch, bevor später wieder katholische Gottesdienste stattfanden.

1936 wurden Flehingen und Sickingen zwangsweise zu einer Gemeinde zusammengeschlossen.

Seit der Kreisreform im Jahr 1973 gehört Flehingen zur Gemeinde Oberderdingen.