Die Geschichte Magstadts reicht vom Mittelalter bis in die Nachkriegszeit und ist geprägt von Herrschaftswechseln, Kriegen und wirtschaftlichem Wandel.
Die frühesten bekannten Besitzer Magstadts waren die Markgrafen von Hildrizhausen. In ihre Rechte traten später die Pfalzgrafen von Tübingen sowie die Herren von Weißenstein, von Roßwag und von Börstingen ein. Teile des Besitzes gingen in der Folge an die Klöster Hirsau, Herrenalb, Bebenhausen und Maulbronn sowie an das Stift Stuttgart und das Chorherrenstift Sindelfingen.
Im Jahr 1308 erwarben die Grafen von Württemberg die Grafschaft Tübingen Asperg und etablierten ihre Herrschaft in Magstadt. Bis zur Reformation gelangte der Ort vollständig in ihren Besitz.
Die spätgotische Kirche im Ortszentrum wurde im Jahr 1511 mit ihrem wehrhaften Turm vollendet. Der Bau wurde möglicherweise durch den Bebenhausener Abt Bernhard Roggenbauch angeregt, der aus Magstadt stammte.
Im Jahr 1525 hatte Magstadt etwa 500 Einwohner. Bis 1634 wuchs die Bevölkerung auf über 800 Einwohner. Erst in diesem Jahr erreichte der Dreißigjährige Krieg den Ort. In der Folge sank die Einwohnerzahl stark. Im Jahr 1655 lebten noch etwa 400 Menschen in Magstadt.
Bis ins 19. Jahrhundert war die Gemeinde überwiegend landwirtschaftlich geprägt. Gleichzeitig entwickelten sich Handwerk und Gewerbe. In den Jahren 1823/24 waren bereits 116 Handwerker im Ort tätig. Zu dieser Zeit lag die Einwohnerzahl bei knapp 2.000.
Eine erste Industrialisierungsphase in den 1880er Jahren, basierend auf Steinbrüchen und Korsettweberei, endete in einer Krise. Eine zweite Phase begann um die Wende zum 20. Jahrhundert. Impulse erhielt sie durch den Bau einer Bahnlinie von Böblingen über Magstadt nach Renningen im Ersten Weltkrieg sowie durch die Ansiedlung von Großindustrie in Sindelfingen.
In den 1920er Jahren entstanden weitere Betriebe, darunter Textilunternehmen, Brauereien, Metallbetriebe, eine Malzfabrik sowie das Pflanzensaftwerk Schoenenberger. Im Jahr 1927 siedelten sich die Malzfabrik Dr. Karl Flik und das Pflanzensaftwerk Schoenenberger an, das bis heute besteht.
Im Jahr 1915 wurde die Eisenbahnstrecke zwischen Böblingen und Magstadt in Betrieb genommen und stellte den Anschluss an das Netz der Württembergischen Staatsbahnen her.
Während der NS-Zeit wurde Magstadt im Jahr 1938 im Zuge einer Verwaltungsreform dem Landkreis Böblingen zugeordnet.
Am 15. März 1943 wurden 26 Magstadter Sinti nach Auschwitz-Birkenau deportiert. Neun von ihnen kehrten zurück. Das jüngste Opfer war 18 Monate alt. Am 24. September 2021 wurde ein Mahnmal zur Erinnerung an die deportierten und ermordeten Sinti enthüllt.
Im Zweiten Weltkrieg wurde das Ortszentrum durch Bombenangriffe zerstört. Am 20. April besetzten französische Truppen Magstadt. In der darauffolgenden Nacht kam es zu einer Vergewaltigungsserie durch marokkanische Soldaten, ohne Eingreifen französischer Offiziere.
Nach dem Zweiten Weltkrieg gehörte Magstadt ab 1945 zur Amerikanischen Besatzungszone und zum Land Württemberg-Baden. Im Jahr 1952 wurde die Gemeinde Teil des Bundeslandes Baden-Württemberg.
Beim Wiederaufbau entstand östlich der Kirche ein neuer Marktplatz.
Die erste urkundliche Erwähnung Magstadts datiert auf das Jahr 1110 in einer Urkunde des Klosters Hirsau. Im Jahr 2010 wurde das 900-jährige Ortsjubiläum gefeiert.
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